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8年前に自宅で家族全員が殺害された悲劇を経験した高校生・空木ミノルは、そのトラウマから他人との関わりを避け、叔母の家で静かに暮らしていた。ある日、異能力者「ルビーアイ」の一人と遭遇したことをきっかけに、彼は自身の異能を目覚めさせる。それは物理法則さえも無視し、全身を覆う透明な『殻』であり、絶対的な孤独を実現する力だったのだ。学校生活においても周囲との接触を最小限に抑えながら過ごしていたミノルだが、同級生・箕輪朋美との交流が彼の平穏な日常を崩壊させる。やがて彼は、『サードアイ』の所有者たちの争いに否応なく巻き込まれていく。
8年前に自宅で家族全員を殺害された悲劇を経験し、他人との関わりを避けて生きてきた高校生・空木ミノル。彼は自身の異能として、全身を覆う透明な『殻』を生み出し、絶対的な孤独を実現する力を持っていた。この力は彼が心の奥底で求めていた「誰の記憶にも残りたくない」という願いそのものだった。そんな彼の日常は、同級生・箕輪朋美との交流によって大きく変化し、『サードアイ』所有者たちの激しい争いに巻き込まれていく。ミノルは生き残るため、組織に身を投じることを決意する。その代償として彼が要求したのは、「ルビーアイ根絶を遂げた後、自分を知る人間全てから自分の記憶を消してもらう」というものだった。