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東応大学に進学が確実視される秀才高校生、夜神月は、ある日通学中に奇妙な黒いノートを発見する。それは死神リュークが落とした、「名前を書かれた人間を殺す」という恐ろしい力を持つデスノートだった。ルールを理解し、その能力の検証を進めた月は、自らが信じる「正義」を実現するため、世界中の犯罪者の名を書き記し始める。彼の行動はインターネットを通じて瞬く間に拡散され、謎の執行者「キラ(KIRA)」として知られるようになる。各国警察機構から見れば、彼は紛れもない大量殺人犯だが、その存在は社会に大きな影響を与え、国際的な捜査機関ICPOが調査を本格化させるきっかけとなる。
東応大学に進学が確実視される秀才高校生・夜神月は、死神リュークから「名前を書かれた人間を殺す」デスノートを入手し、自らが信じる正義のため世界中の犯罪者を裁き始める。彼の行動により、「キラ(KIRA)」という謎の存在が出現し、社会に大きな波紋が呼ぶ。国際的な捜査機関ICPOは、伝説の名探偵Lを動員してキラの追跡を開始する。月とLは、互いの正義を掲げながら、頭脳戦や心理戦を繰り広げる。その後も物語は続き、新たな敵対者として第二のキラが現れるなど、多くの事件が起こる。最終的にLは月の策略によって命を落とし、夜神月は世界の裏側からの改革を進めることになる。さらに数年後には、デスノートによる新たな「キラ」や、過去の出来事に関わる人物たちが再び物語に登場する。