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ごく普通の高校2年生の天倉神名は、アルバイト代を持って帰宅する途中、空から落ちてきた謎の物体に頭を直撃され意識を失う。翌日、登校中に道端で泣いている少女と目が合うが、皆勤賞がかかっているため無視しようとする。その少女は神名を力ずくで引き止め、「天倉神名」という少年を探していると告げるものの、神名は知らないと拒絶する。その後、学校に転入してきたナギという名の少女は、自らを「死神」だと明かし、神名が本来なら昨夜死亡していたはずなのに生きているため、魂の回収を行うために来たのだと語る。
天倉神名はアルバイト代を持って帰宅する途中で空から落ちてきた物体に頭を直撃され意識を失う。翌日、道端で泣いている少女と遭遇した神名が無視しようとしたところを力ずくで引き止められる。学校には「死神」を自称するナギという名の転校生が現れる。彼女は、本来なら昨夜死亡していたはずの神名を対象に、魂の回収（すなわち彼に再び死んでもらうこと）を行うために任務に来ていたのだと明かす。実はナギ自身が、この任務を失敗すれば上司である死天使長によって「チョコレート・パフェ」に変えられてしまうという危機的な状況にあるため、なんとしても使命を完遂する必要がある。かくして、魂を取られるまいと逃げる神名と、パフェは好きだが自分がパフェになるのは嫌なナギが、学園を舞台にドタバタの追跡劇を繰り広げることになる。
